Vigenere Cipher adalah salah satu bentuk lain dari sekian banyak enkripsi bertipe polyalphabetic. Metode ini awalnya ditemukan oleh by Giovan Battista Bellaso dalam bukunya La cifra del. Sig. Giovan Battista Bellaso. pada tahun 1553. Namun sering kali orang-orang pada abad ke-19 menyebutnya sebagai Vigenere Cipher karena Blaise de Vigènere yang mempublikasikan pada abad 16 (tahun 1586). Beliau adalah seorang diplomat Perancis sekaligus seorang kriptologis (ahli keamanan data).
Perang sipil di Amerika Serikat juga membawa sejarah penggunaan Vigenère cipher. Vigenère cipher digunakan oleh Pasukan Konfederasi dalam bentuk brass cipher disk. Pesan enkripsi itu ternyata tidak aman, karena berkali-kali Tentara Union berhasil meng-hack pesan cipher text.